1999年，王菲凭《Eyes on me》夺得日本金唱版大赏，是继邓丽君之后，第二个夺得此奖的亚洲歌手。

2000年年初，与谢霆锋传出诽闻，在一家酒吧被记者拍到两人的亲昵镜头，之后，王菲更毫不避讳的拖着谢霆锋的手参加梁朝伟的庆功宴，从此两人的恋情正式曝光。

2001年初，远赴日本拍日剧《弄假成真》并主唱电视剧主题曲《Separate Ways》，而这首歌更使王菲第二度打进日本Oricon单曲榜十大，在日本的知名度进一步扩大。

2001年10月推出年度大碟《王菲》打入日本Oricon公信榜前50，年底拍摄由刘镇伟导演的贺岁片《天下无双》。

2002年10月2日加盟SONY MUSIC新力唱片公司，年底为张艺谋执导的电影《英雄》演唱同名主题曲。